I Alias møter vi Sydney Bristow, en 26 år gammel universitetsstudent, som i all hemmelighet jobber som spion for CIA-avdelingen SD-6. Det viser seg imidlertid snart at tingenes tilstand ikke er slik Sydney først trodde. For SD-6 er ingen avdeling av CIA, men i virkeligheten en landsforrædersk organisasjon med ondsinnede hensikter. På toppen av det hele finner Sydney ut at hennes distanserte far, Jack (Victor Garber), også jobber for SD-6… I håp om å ta knekken på SD-6, henvender Sydney seg til CIA, og får i oppdrag av offiser Vaughn (Michael Vartan) å fungere som dobbelt-agent. Sydney skal utføre oppgavene hun får av SD-6, og deretter lekke informasjon til CIA. Men etter hvert som Sydney går til verks med jobben, dukker det stadig opp ubesvarte spørsmål. Hvem jobber egentlig for hvem? Hvem er egentlig faren? Og, ikke minst, hvordan skal hun klare å holde sitt dobbeltliv hemmelig for andre?