Etter at de 12 koloniene med mennesker nesten blir ødelagt på høyden av en hundre år gammel krig med Cylon Emperiet, samler President Roslin (Mary McDonnell) og Kommandør Adama (Edward James Olmos) sammen de få menneskene som er igjen og legger ut på en reise for å finne den mytiske planeten «Jorden». De innser ikke at Cylon roboten ikke lenger er en gjenkjennelig fiende. Battlestar Galactica er en komplett gjenskaping av 1970-serien, bare med mer action, eventyr og drama som gjorde originalen så populært. Sesongen 3 åpner med de strandede kolonistene som kjemper for å overleve under de strenge Cylon regelene på New Caprica. Følg Tigh, Tyrol og Anders som fører motstand med økende og sjokkerende vold mot cylons, og Admiral Adama sin personlige kamp mens han fører Galactica for å redde de overlevende, og gjenoppta sin søken for å finne «Jorden». Vil Nummer Seks forhandle frem en våpenhvile mellom mennesker og cylons? Hvem er de «siste fem», og hvor ligger lojaliteten deres?