Klokken tre om morgenen slår sikkerhets-politiet og terrorpolitiet til mot flere familier i en av Stockholms forsteder. Et femtitalls personer blir tatt og transporteres bort. De får ikke vite hva de er mistenkte for. Men neste dag eksploderer nyheten om at al-Qaida i Sverige er uskadeliggjort og at landet er reddet fra den største katastrofen noensinne. Ni personer blir tatt som terrorister. Deretter kommer den store stillheten. Ingen vet hva som skjer i politietterforskningen. Politiinspektør Eva Johnsén-Tanguy, som er forhørsekspert ved Økokrim, får til sin overraskelse en helt ny jobb, å lede forhørene med de mistenkte terroristene. Dermed forandres livet hennes, blant annet innebærer det at vennskapet med journa-listen Erik Ponti utsettes for store påkjenninger. I krigen mot terrorismen havner Eva Johnsén-Tanguy og Erik Ponti på helt ulike sider. Jan Guillou tar i Den indre fiende, hans tretti-ende bok, et oppgjør med lovene som påstås å være laget for å beskytte demokratiet, men