Hemmelig kjærlighet som strekker seg over generasjoner og kontinenter, i krig og fred. Unge Alma Belasco blir i 1939 sendt fra et Polen i nazismens skygge til sin velstående onkel og tante i San Francisco. Her treffer hun Ichimei, den stillferdige sønnen til familiens japanske gartner. Uten at noen omkring dem merker det, gryr en øm kjærlighet mellom Alma og Ichimei, men etter japanernes angrep på Pearl Harbor blir de to brutalt revet fra hverandre. Flere tiår senere, da Almas lange og begivenhetsrike liv går mot slutten, blir pleieren Irina kjent med den eldre kvinnen og barnebarnet hennes, Seth. Sammen finner Irina og Seth en rekke mystiske gaver og brev som er blitt sendt til Alma i årenes løp. I Den japanske elskeren utforsker Allende spørsmål knyttet til identitet, tap og forsoning. Forfatteren av Åndenes hus fortsetter med denne romanen å skildre menneskenes hjerte, og skjebnens uforutsigbarhet, i en fortelling som strekker seg over generasjoner og kontinenter.