Året er 323 før vår tid. Kong Aleksander av Makedonia -- for ettertiden kjent som Aleksander den store -- ligger forgiftet og lammet i sitt palass i Babylon. Han er trettito år gammel, har hatt Aristoteles som læremester og er den største hærføreren verden har sett. I den andre enden av palasset sitter Phyllis innelåst i et rom. Hun er kokk for kongens hær og er arrestert av de nye herskerne. Hele sitt voksne liv har hun levd i felten, og i lengre tid som Aleksanders elskerinne. Hvem har forgiftet kongen? Phyllis får leve så lenge hun skriver ned alt hun vet om Aleksander. Hun åpner opp en rik og rå fortelling om krigens brutale hverdag, om planleggingen av Arabia-toktet, om et usynlig bibliotek som rommer eventyrlige skrifter og oppdagelser, og om lidenskapen mellom en kokk og en konge. Det usynlige biblioteket er en eksistensiell og inspirert roman som går til kjernen av menneskelig erfaring -- hvem er vi i krig, i kjærlighet, i livets siste dager?