I 1951 udvælger danske embedsmænd 16 grønlandske børn til at deltage i et forsøg. Børnene bliver fjernet fra deres familier og sendt til plejefamilier i Danmark. Efter to år vender børnene tilbage til deres moderland, og filmen starter med, at de ankommer til Grønland og bliver overført til et børnehjem i Godthåb. Her er sygeplejersken Gert netop blevet ansat som forstanderinde og har af den danske landshøvding fået til opgave at fortsætte omskolingen af børnene, så de kan fungere som elitedanskere og rollemodeller i ’det nye Grønland’. Det skal vise sig at blive en svær opgave, da børnene er ulykkelige og splittede mellem den danske og den grønlandske kultur. ’Eksperimentet’ er baseret på autentiske begivenheder og inspireret af Tine Bryld og Per Folkvers interviewbog ’I den bedste mening’ (1998).