Kunnskapsdepartementet har vært en pådriver for store reformer og en kraftig utbygging av det norske skole-, utdannings- og forskningssystemet etter andre verdenskrig, reformer som på grunnleggende vis har omformet det norske samfunnet. Dermed har departementets indre historie også vært vevd inn i den større nasjonale historien.
Departementets tradisjonelle og rutinemessige forvaltning ble grunnleggende endret i møte med den ambisiøse og målbevisste oppbyggingen av det sosialdemokratiske skole-, utdannings- og forskningssystemet fra 1950-årene til midten av 1970-årene. Da proklamerte statsråd Bjartmar Gjerde fra Arbeiderpartiet at Norge hadde verdens beste skole, men dette var et glansbilde som ganske snart slo sprekker. I de følgende tiårene ble da også det rådende forvaltningsregimet på skole-, utdannings og forskningsområdet avviklet, blant annet som følge av det generelle gjennomslaget for nye styringsidealer i sentralforvaltningen. Rundt årtusenskiftet ble dette bruddet med fortiden befestet og utdypet med fremveksten av en internasjonal kunnskapens konkurransearena som bidro til å stake ut en ny kurs - både for departementet selv og den sektoren det forvaltet.