I den svært etterlengtede oppfølgeren til Madagaskar fra 2005 blir Alex, Marty, Melman, Gloria, Kong Julien, Maurice, pingvinene og sjimpansene skipbrudne på Madagascars fjerne kyst. For å overkomme denne hindringen har de sammen klekket ut en plan som er så gal at den faktisk kanskje kan fungere. Med militær presisjon har pingvinene satt i stand et gammelt flyvrak - på en måte. Så snart Air Penguin har fått sitt første fly i luften klarer pingvinene å holde det oppe akkurat lenge nok til å nå det villeste stedet av alle; Afrikas savanne. Her støter våre venner på artsfeller for aller første gang. Afrika virker som et fantastisk sted, men er det bedre enn hjemmet i Central Parks dyrehage?