Nintendo 64-klassikeren, i flere sammenhenger kåret til tidenes beste spill, slippes her i revidert utgave til Nintendo 3DS. I spillet må Link, helten i grønt, legge ut på en spektakulær reise i tid. Målet er å stoppe den onde Ganondorf, magikeren som er på jakt etter en gulltrekant med magisk kraft - en kraft som vil la Ganondorf styre Hyrule akkurat som han vil. Spillet begynner med at feen Navi vekker Link fra et mareritt. Navi har blitt sendt for å bringe Link til vokteren av landsbyen hans, et tre kalt Great Deku Tree, som har blitt forhekset og er nær døden. Link bryter forbannelsen, men klarer ikke å forhindre at treet visner. Før han dør, forteller Deku Tree at trollmannen som forhekset ham var på jakt etter en spesiell juvel for å kunne erobre Hyrule. Link får beskjed om at han er den som må stoppe trollmannen, og han blir bedt om å dra til Hyrule Slott. Ved Hyrule Slott møter han Zelda, en prinsesse som forklarer ham at hun har drømt om Hyrules fremtid og at hun forutså Links ankomst. Zelda tror at en ond konge fra ørkenen, kalt Ganondorf, er ute etter den magiske gulltrekanten - en hellig relikvie som gir bæreren guddommelige krefter. Zeldas beskrivelse av Ganondorf er lik trollmannen som drepte Great Deku Tree, og nå blir det opp til Link å nå trekanten før Ganondorf får fatt i den.