En ny illustrert serie barnebøker om de to guttene Mikkel og Tønnes, som opplever mange eventyr rundt omkring i Norge. I hvert bind kommer de til en ny by hvor de opplevermorsomme, nifse og mystiske ting. Etter hvert blir de drevne detektiver, som modig tar opp kampen med både skurker og spøkelser. Mysteriet i Trondhjem har Mikkel fått bli med Tønnes på handelsskipet som hans far, Gudmund Herre, eier. De har lagt til havn i Trondhjem og under et besøk i den storslåtte, men også forfalne, Nidarosdomen, kommer Mikkel over to banditter som planlegger å rane skipet til Gudmund Herre. Mikkel må forhindre dette, men blir oppdaget og havner i krypten under kirkegulvet. Han må finne veien ut av den mørke, klamme og skumle kjelleren og overliste skurkene før de stjeler Gudmunds pengekiste. Men er han alene i kjelleren, og finner Mikkel flere spor etter den forsvunne faren sin i Trondhjem?