Mens SG-1 deltar på henrettelsen av Ba'al, den siste av Goa'uld System Lords, forsvinner Teal'c og Vala uforklarlig i løse luften. Carter, Daniel og Mitchell haster tilbake til en verden der alt har endret seg: Stargate-programmet har blitt slettet fra tidslinjen. Mens de prøver å overbevise myndighetene om hva som har skjedd, kommer hundrevis av Goa'uld skip i bane, ledet av Ba'al, hans dronning Qetesh (Vala), og hans høyrehånd, Teal'c. De resterende SG-1 medlemmene må finne Stargate og sette ting på plass før verden er Goa'ulds slaver.