Mens Etikken regnes som Spinozas hovedverk, kan det samme med like stor rett sies om Teologisk-politisk avhandling og Politisk avhandling. For det er her Spinoza gjennom.fører grovarbeidet i hans konfrontasjon med samtidens religiøse oppfatninger og religiøs organisering. Ved å insistere på at fortolkning av hellige skrifter måtte holdes strengt adskilt fra spørsmålet om påstandenes sannhetsgehalt, bidro han til å grunnlegge den vitenskapelige bibelkritikken. Store deler av Teologisk-politisk avhandling er da også viet detaljert drøftelse av bibelsteder i det gamle og nye testamente. Teologisk-politisk avhandling ble en av datidens «bestselgere». Fordømt som en bok «skapt i helvete» umiddelbart etter utgivelsen, viser historikeren Jonathan Israel at ingen annen teologi- og samfunnskritisk bok finnes i så mange av datidens biblioteker. Spinozas statsvitenskapelige hovedpoeng er at det er meningsløst for myndighetene å prøve å bestemme hva folk skal mene om religion. Boka er således historisk sett ett av de tidligste innspillene til støtte for ytringfriheten. Ikke fordi sensur er «feil» i forhold til en gitt moralsk målestokk, men fordi det er fåfengt. Det man ikke har makt til å gjøre, bør man heller ikke prøve på. Derimot bør staten støtte en allmenn religion som mer eller mindre er sammenfallende med «alminnelig folkeskikk»: Man skal opptre rettferdig og med generøsitet overfor andre mennesker. Men spørsmålet om Guds natur og andre filosofiske problemstillinger bør en slik sann religion ikke ta stilling til. Spinozas tekst i Teologisk-politisk avhandling kan også på viktige måter ses på som en «svart messe», i den forstand at han hele tiden bruker et religiøst språk samtidig som det er helt klart at hans forehavende er uforenelig med og dypt provoserende for standard kristendom og jødedom på hans tid.