Sesong fem begynner seks år etter at våre helter unnslapp jordens andre kjernefysiske apokalypse. Bellamys team er i rommet. Clarke er på bakken. Hundrevis er fanget i en bunker. Når et enormt fengselskip lander på et av jordens siste beboelige områder, må de 100 gå sammen om å kreve tilbake hjemmene sine. Det finnes ingen godhet i en verden der du enten dreper eller blir drept.