Hjemsøkt av mareritt og en fortid han ikke kan huske, flytter Jason Bourne (Matt Damon) og Marie (Franka Potente) fra by til by - og forsøker å til enhver tid holde seg ett skritt foran fienden. En dag, uten forvarsel, kan Jason bli dratt tilbake til den verdenen han håpet å ha forlatt for alltid. Når en agent dukker opp i den søvnige landsbyen som har vært deres hjem den siste tiden, må de legge hverdagen bak seg og komme seg unna. En katt-og-mus-jakt er i gang, og Treadstone-utdannede Jason Bourne må vende tilbake til livet som kaldblodig og profesjonell leiemorder.