Valkyrien er en spenningsladet dramaserie om legen Ravn som driver en illegal, underjordisk klinikk. I et bomberom fra den kalde krigen behandler han kriminelle, beredskapsfantaster og andre som ikke kan eller vil oppsøke et vanlig sykehus. Samtidig behandler han i all hemmelighet sin døende kone, og forsøker å finne en kur for den uforklarlige sykdommen hennes.